支付宝笔笔攒的钱是从储蓄卡、余额、余额宝中扣除的。在用户开通笔笔攒功能的时候，笔笔攒会让用户设置扣除方式。一般情况下，笔笔攒默认的扣款方式是储蓄卡，用户也可以手动设置成其他扣款方式。
支付宝笔笔攒按照储蓄卡、余额、余额宝依次扣款。如果储蓄卡扣款失败，笔笔攒会扣除用户支付宝余额中的资金。如果余额扣款失败，笔笔攒会扣除用户余额宝中的资金。
如果用户有多张储蓄卡，则会按照用户在支付宝设置的储蓄卡扣款顺序扣款。如果用户没有设置扣款顺序，笔笔攒会从最近绑定的卡中扣款，最多扣三张。笔笔攒也会扣除网商银行卡中资金。
当用户的资金被笔笔攒扣除后，用户的钱会存入余额宝并且冻结起来。被冻结的资金不能用于平时消费，如果用户想用于平常消费，可以随时解冻到余额宝中。
余额宝总金额中包含了通过笔笔攒功能，攒入余额宝的金额。笔笔攒资金解冻后，并不会增加余额宝总额，只是从冻结状态解冻为可用状态。资金解冻后，会在余额宝中变为余额宝可用资金。