企业上市科创板采用的是注册制，主板采用的是审核制。在主板上市时对企业的要求更高，比如主板上市的企业立经营时间超过3年，且累计超过3亿元，而且这3年都为盈利状态，发行前股本总额不低于3千万。
科创板和主板在交易规则上也不同，主板的涨跌幅度为10%，ST股涨跌幅限制5%；而且科创板的涨跌幅度为20%且上市前五日不限制涨停幅度，不限涨停时有临时停牌制度，只要涨跌幅度首次达到30%、60%时都会临停。
科创板和主板投资者参与的门槛不同，用户投资主板股票时只要开通证券账户就可以买卖。如果想要投资科创板股票需要开通前20个交易日证券账户日均资产不低于50万元，而且已经参与证券交易24个月以上，要求比较高。
科创板和主板面向的对象不同，一般所有的企业只要符合条件都可以在主板上市；但是科创板面向的对象为新一代信息技术、高端装备、新材料、新能源、节能环保以及生物医药等企业，这些企业在研发投入方面比较多。