申请机构不同：生源地信用助学贷款直接向学生户籍所在县（市、区）的学生资助管理机构提出贷款申请（通常为教育局；有的地区直接到相关金融机构申请）。国家助学贷款直接向本校的学生资助部门申请。
贷款发放机构不同：生源地信用助学贷款的发放机构多为国家开发银行的各地分支机构，也有地方银行的参与。而国家助学贷款则由学校学生资助中心在全国学生资助中心招投标中标的银行中选择一家银行发放。
贷款年限不同：国家开发银行办理的生源地信用助学贷款需一学年一贷，部分金融机构办理的生源地信用助学贷款可一贷多个学年。国家助学贷款一般可一贷多个学年，学生可根据自己实际情况进行选择，如选择一贷四年或一贷三年等。
国家助学贷款是由政府主导、财政贴息，银行、教育行政部门与高校共同操作的专门帮助高校贫困家庭学生的银行贷款。借款学生不需要办理贷款担保或抵押，但需要承诺按期还款，并承担相关法律责任。
生源地信用助学贷款是指国家开发银行向符合条件的家庭经济困难的普通高校新生和在校生发放的、在学生入学前户籍所在县（市、区）办理的助学贷款。