哈尔滨公交车扫码支付使用时需要手机上提前安装“哈尔滨城市通”APP，乘车时进入APP内点击“扫码乘车”，这时会自动生成二维码并弹出，然后将二维码对准新的车载刷卡设备下方扫码区的摄像头，听到“叮”的一声就完成了支付。
哈尔滨公交车扫码支付大部分的公交线路都可以使用，用户在乘车时免去了携带现金的麻烦，使用上也更加的灵活。而且在哈尔滨地铁也可以使用“哈尔滨城市通”APP进行扫码支付。除了扫码支付用户还可以使用手机NFC、购票等方式乘车。
“哈尔滨城市通”APP使用后可以通过不同的途径进行充值，比如使用建行银联卡直接充值，还可以使用“翼支付”APP进行充值。据悉，在未来还可以使用“工商银行”、“支付宝”和“中国银联”等其他充值渠道。
在使用“哈尔滨城市通”APP时设定了两分钟内同一账户不能在同一设备上连续扫码的限制，不过2分钟后可以再次扫码支付。还有就是账户余额低于5元时将不能生成“城市通手机支付码”，无法支付车费。