支付宝上能缴纳农村合作医疗费用，但不是每个城市的参保人员都可以在支付宝上缴纳农村合作医疗费用的，参保人员需要以页面显示为准。
在支付宝上缴纳农村合作医疗费用操作如下：
第一步：打开并登录支付宝客户端，在首页的搜索栏中输入：城市服务，并进入城市服务页面。
第二步：在城市服务页面中点击左上角的倒三角图标，定位到当前城市，并点击“电子社保卡”。
第三步：选择参保地点后，点击“同意协议并激活”，按照页面提示完成实名认证。
第四步：获得电子社保卡后，页面会返回到城市服务页面中，参保人员需要点击“自然人社保费”，进入自然人缴纳社保费页面。
第五步：按照页面提示输入姓名、身份证号码、电话号码等信息并点击确定，勾选城乡居民基本医疗保险，核对信息和费用后，点击“缴费”即可。
如果参保人员在城市服务中找不到“自然人社保费”，说明当前城市不支持在支付宝上缴纳农村合作医疗费用，参保人员需要前往当地医保办咨询具体缴费办法。