一、股票基金的风险大于债券基金的风险。风险和收益成正比例关系，风险越高，收益越高；风险越低，收益越低。
二、股票市场的总体收益高于债券市场的总体收益。股票基金主要投资于股票市场，债券基金主要投资于债券市场。
三、基金管理的目标不同。股票基金的管理人追求更高的收益，而债券基金的管理人追求稳健的收益。
由于股票基金主要投资于股票市场，股票市场具有偏向性特征。偏向性特征指的是股票价格总体上就有不断向上增长的长期历史趋势。而债券基金主要投资于债券市场，债券市场不具有偏向性特征。
债券基金属于价值型基金，而股票基金属于成长型基金。成长型基金以追求资本增值为基本目标，而价值型基金以追求稳定的收入为基本目标。由于目标是不同的，所以主动操作方法会产生差异。
当投资方式产生差异时，收益也会产生差异。股票基金主要以具有良好增长潜力的股票为投资对象，而债券基金主要以公司债券、政府债券等稳定收益证券为投资对象。