一、本质不同。结构性存款的本质是存款，而保本理财的本质是理财产品。
二、风险性不同。结构性存款受存款保险的保障，保本理财属于理财产品的一种，客观上存在一定的风险。
三、收益不同。结构性存款主要挂钩大宗商品、黄金、利率、外汇、境外股指等产品，收益较高。而保本理财主要投资于传统储蓄，收益较低。
四、现存状况不同。在2019年11月19日，结构性存款还在市面上发售，而保本理财在2018年退市。根据2018公布的资管新规可知，金融机构的保本理财产品不会再出现“保本”字样，风险最低的理财产品为PR1级理财产品。
结构性存款嵌入了衍生产品或收益挂钩固执、汇率等指数的人民币存款产品，具有低风险、高收益、流动性好的特点。
银行内部的风险评级：pr1级、pr2级、pr3级、pr4级、pr5级。理财产品的风险将根据风险等级的提高而增大。
保本理财退市后，金融机构将不再进行刚性兑付。对于风险承受能力很小的用户是不能接受的，而结构性存款的出现缓和了这一局面。