支付宝的健康金是会清零的。支付宝在向用户发放健康金的时候，对健康金做出了有效期限制，而健康金的有效期只有6个月。如果用户在领取健康金后没有及时使用，在有效期过期之后，支付宝就会将过期的健康金额度清零。
支付宝健康金是支付宝向用户免费赠送疾病保障的活动，保障内容包括了相互宝守护金、住院报销额度等内容。该活动采用了邀请制，只要是中国大陆地区的支付宝用户，在完成支付宝账号的实名认证之后，都有可能被支付宝邀请参与这项活动。
如果想要使用支付宝健康金支付自己的医疗费用，用户可以通过以下流程，完成医疗费用的报销：
（1）打开支付宝APP之后，在首页搜索“健康金”，点击门诊/住院报销额度，点击“我要报销”。
（2）申请者根据页面提示填写相关的申请资料，并向保险公司提交理赔申请。
（3）保险公司对申请资料进行审核，在审核通过之后，申请者就能将自己的医疗费用进行报销了。报销金额的上限就是支付宝健康金的可用额度。