1、贷款的利率方面。公积金贷款的利率要比商业贷款的利率低，相信这已经是人人皆知的事情了。按照2018年央行贷款的基准利率来看，商业贷款五年以上的基准利率为4.9%，公积金贷款五年以上的基准利率为3.25%。
2、贷款比例方面。通常的情况下，同样一套房子，商业贷款的话，最多只能贷出总房款的7成，而公积金贷款最多能够贷出总房款的8成。从另一方面来看，也就是商业贷款首付需要交纳30%以上，而公积金贷款只需交纳20%就可以了。
3、贷款的流程差别。在办理贷款的时候，这两者还是存在很大区别的。商业贷款通常会在办理贷款之前审核，而公积金贷款则在办理贷款之后审核。
4、审批的时间不同。商业贷款和公积金贷款在审批的时间上还是存在比较大的差别，通常的情况下，商业贷款的审批时间为30天左右，而公积金贷款的审批时间为40天左右。
5、审批机构不同。在这一方面上，商业贷款的审批机构是银行，而公积金贷款的审批机构是公积金管理中心，银行只是执行机构。所以，这两者还是存在很大区别的。