南京地铁支持的支付方式有银联闪付和支付宝二维码，当然用户也可以买票乘坐。支付宝二维码使用步骤：打开支付宝app，点击顶部的“付钱”→点击底部的“乘车码”→将二维码对准闸机橙黄色模块“扫码区”。
如果用户使用银联闪付进行乘车，直接使用62开头的银联IC卡过闸乘车，也可以使用绑定了银联卡的Huawei Pay、Apple Pay、Mi Pay、Samsung Pay银联手机闪付方式刷手机过闸乘车，还是非常方便的。
南京地铁首条线路于2005年5月15日正式通车，截至2019年6月，南京地铁已开通运营线路共有10条，在2018年南京地铁累计客流11.125亿人次。截至2019年6月，南京地铁日均客运量353万人次，最高日客运量415.5万人次。
支付宝除了在地铁使用，现在大部分的公交车也可以使用了。不过在使用之前需要乘客领取乘车码，支付宝乘车码在使用时还可以查看哪些公交线路支持支付宝乘车码，如果不支持需要用户提前准备好零钱，防止给自己的出行带来不便。