深市沪市股票的板块不同、股票代码不同、交易制度不同、交易场所不同、构成指数不同、过户费不同、最低申购数量不同、B股标价不同等。
沪市有主板、B股和其他A股，而深市有深证成指、中小板指数、创业板指数、深证100指数和深证300指数。上证指数是加权指数，深证指数是成份指数，沪市和深市的构成指数是不同的。
沪市和深市的交易场所不同，深市是在深圳交易的，沪市是在上海交易的。沪市和深市的新股申购基金数单位是不同的，申购沪市股票，资金账号最低申购1000股，以每1000股为一个基数单位；申购深市股票，资金账号最低为500股，以每500股为一个基数单位。
沪市和深市的过户费不同，沪市过户需要按照每1000股收取用户1元的过户费，深市不会收取用户的过户费。沪市和深市的交易模式不同，沪市采用的是连续竞价，深市采用的是集合竞价。
沪市和深市的股票代码不同，深市主板是以000开头的，中小板是以002开头的，创业板是300开头的，B股是以200开头的。沪市的主板股票代码都是以6开头的，B股是以900开头的。