通过支付宝还信用卡有手续费，只要用户的信用还款超过支付宝规定的免费额度，支付宝就会收取用户一定比例的服务费。每个用户每月可以享受2000元的基础免费还款额度。
从2019年3月26日起，支付宝用户在使用信用卡还款功能时，支付宝将对超出2000元的部分，收取一定比例的服务费。
当用户的信用卡还款额度超过2000元时，超过部分按照0.1%收取服务费，单笔服务费小于0.1元的部分，支付宝将按照0.1元收取服务费。用户可以使用支付宝会员积分兑换更多的免费额度。
工商银行、建设银行、农业银行、交通银行、广发银行、兴业银行、平安银行、华夏银行、宁波银行、上海农商银行、杭州银行等银行的还款次数上限为单日50次、单月无限制，单笔还款上限金额为100000元。
招商银行的还款次数上限为单日5次、单月5次，单笔还款上限金额为25000元。中国银行的还款次数上限为5次，单笔还款上限金额为19999元。民生银行的还款次数上限为单日3次、单月3次，单笔还款上限金额为100000元。