50万商贷和公积贷主要的区别体现在贷款利息的支出上，如果贷款时间都在5年以上，在2019年商贷的贷款基准年利率为4.9%，而公积贷的贷款年利率为3.25%，从贷款利率上可以看出公积贷支出的利息少。
商贷和公积贷在办理时需要的条件是不一样的，商业贷款需要的条件差异不大。想要使用公积金贷款需要到公积金管理中心进行咨询，通过咨询一般可以得到借款的额度，不是借款人想借多少就给贷多少。
在使用公积金贷款后用户提前还款时不会收取违约金，但是办理商业贷款后提前还款可能会根据提前还款的时间收取一定的违约金，不同的银行收取违约金的比例是不一样的，用户提前还款时最好咨询银行，然后确定有没有必要提前还。
借款人不论使用商业贷款还是公积金贷款都需要在借款后按时还款，不要出现逾期还款的情况，在逾期还款后会产生罚息，时间越长罚息越多。而且时间过长时银行会进行催收，如果一直不还，银行可能会拍卖房产归还借款人欠款。