弊端1：开发商不愿接受公积金贷款。现在许多的房地产开发商都不愿意接受这种贷款方式，由于公积金贷款买房，对开放商来说，回笼资金较慢。因此，从这一方面看，对开发商是一个很大的弊端。
弊端2：批贷方面较商业贷款额度要少。住房公积金作为职工住房福利政策，并非职工想贷多少就可以贷多少，而是有最高额度限制的。不过，如果个人贷款额度不足时，夫妻可共同申请公积金贷款，这样贷款额度会高点。
弊端3：公积金缴存有要求。除了最高额度限制外，如果想要申请公积金贷款，还要满足一定的缴存时间，比如借款人连续缴存公积金6个月以上，且公积金账户处于缴存状态，就像北京、上海、广州等地。不过，也有一些城市要求连续缴存12个月以上才能贷款，就像天津、长沙等地。
弊端4：账户余额对贷款额度有影响。公积金账户余额会影响贷款额度，如果账户余额太少，那么能申请到的贷款额度就会越低，所以在申请公积金贷款前，最好不要动公积金账户余额。不过，并非所有城市公积金贷款额度都受账户余额影响。